Rok szkolny 1989/1990 przyniósł wiele istotnych zmian w życiu szkoły. Powstały pierwsze klasy sportowe o profilu lekkoatletycznym, piłki ręcznej i piłki koszykowej, oddano do użytku stadion z bieżnią oraz boisko asfaltowe. Otwarcie w lutym 1990 roku basenu umożliwiło prowadzenie zajęć nauki pływania w ramach godzin wychowania fizycznego dla uczniów klas 4-8.
Władze oświatowe w uznaniu dotychczasowych znaczących osiągnięć sportowych oraz ze względu na wszechstronny rozwój działalności sportowej w naszej szkole nadały jej imię wybitnego sportowca i wielkiego Polaka – Janusza Kusocińskiego. W roku szkolnym 1990/1991 dyrektorem szkoły została Joanna Salwerowicz, nauczyciel matematyki.
W dniach 20-25 maja 1991 roku odbył się I Szkolny Festiwal Miniatur Teatralnych połączony z wystawą pacynek i kukiełek. Pomysłodawcą i inicjatorem przeglądu teatralnego była Małgorzata Cieślińska. Natomiast w październiku miał miejsce I Rajd Kusego zorganizowany przez Włodzimierza Cieślińskiego. Te wydarzenia, kontynuowane po dziś dzień wzbogacają szkolne życie i cieszą się zawsze ogromnym zainteresowaniem uczniów.
W wyniku reformy oświaty od roku szkolnego 1999/2000 powołano Zespół Szkół Sportowych nr 1 z klasami Szkoły Podstawowej nr 5 i Gimnazjum Sportowego nr 11.
Od 1 września 2015/2016 nastąpiła zmiana dyrekcji szkoły. Dyrektorem został nauczyciel języka niemieckiego Wojciech Niezgoda. Stanowisko wicedyrektorek objęły: Anna Ząbkowska-Petka, Bożena Przybylska i Grażyna Grymel-Wieczorek. Nowa dyrekcja wprowadziła bardzo istotną zmianę w funkcjonowaniu szkoły, a mianowicie zadecydowała o wdrożeniu dziennika elektronicznego Librus Synergia.
Od jesieni 2016 roku do wiosny 2019 szkoła przechodziła kompleksową modernizację całego budynku. Remont odbywał się etapami, podczas których począwszy od części dydaktycznej wyłączane były kolejne segmenty. Następnie zmodernizowano część sportową, w której znajdowały się również stołówka i aula. Ostatnim punktem była przebudowa basenu, wymiana niecki, nawierzchni wokół niego oraz zamontowanie specjalnego nagłośnienia umożliwiającego rozgrywanie zawodów. Basen został oddany do użytku w maju 2019 roku.
1 września 2017 nastąpiło stopniowe wygaszanie gimnazjum. Szkoła przekształciła się na powrót w ośmioklasową szkołę podstawową. Z dniem 28 maja 2020, uchwałą Rady Miasta przyjęła nazwę Szkoła Podstawowa Nr 5 z Oddziałami Sportowymi im. Janusza Kusocińskiego.
